CUT&Tag是一種新的DNA—蛋白質(zhì)互作研究方法。與傳統(tǒng)的ChIP-Seq相比，CUT&Tag技術(shù)操作簡(jiǎn)便，無(wú)需免疫共沉淀和超聲破碎；細(xì)胞起始量低。60-100000個(gè)細(xì)胞就可以滿足需要，且CUT&Tag單細(xì)胞技術(shù)已經(jīng)實(shí)現(xiàn)；一步完成建庫(kù)，不需要傳統(tǒng)的修復(fù)末端，加A，加接頭構(gòu)建文庫(kù)；信噪比高。
CUT&Tag技術(shù)優(yōu)勢(shì)——特異性強(qiáng)，背景噪音較低；靈敏度強(qiáng)；重復(fù)性較好；成本遠(yuǎn)低于ChIP-Seq。
CUT&Tag技術(shù)原理：
CUT&Tag技術(shù)的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗體結(jié)合功能域的轉(zhuǎn)座體pAG-Tn5。在進(jìn)行CUT&Tag實(shí)驗(yàn)時(shí)，首*行靶蛋白特異性抗體（一抗）孵育，使抗體進(jìn)入細(xì)胞與靶蛋白結(jié)合。為了放大信號(hào)，同理接著進(jìn)行二抗孵育。zui后孵育pAG-Tn5轉(zhuǎn)座體，使得轉(zhuǎn)座體進(jìn)入細(xì)胞并與抗體結(jié)合，這樣就把轉(zhuǎn)座體間接的固定在靶蛋白上，隨后加入Mg2+，激活Tn5酶的切割活性，打斷靶蛋白結(jié)合的DNA區(qū)域。由于Tn5連有測(cè)序接頭，在打斷的同時(shí)直接在片段化的DNA上加接頭，接著提取DNA，進(jìn)行PCR擴(kuò)增構(gòu)建文庫(kù)。
一：CUT&Tag實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行qPCR分析
CUT&Tag實(shí)驗(yàn)所獲取的DNA片段可以進(jìn)行qPCR以檢測(cè)目的條帶的富集情況。CUT&Tag-qPCR與ChIP-qPCR類似，定量的長(zhǎng)度、方法、引物設(shè)計(jì)等幾乎*一致。一般的實(shí)驗(yàn)流程為：細(xì)胞與磁珠結(jié)合—一抗孵育—二抗孵育—轉(zhuǎn)座體孵育—片段化—DNA提取—qPCR檢測(cè)。整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程不超過(guò)10小時(shí)。
二：CUT&Tag實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行高通量測(cè)序（NGS）分析
CUT&Tag本身是一種高通量測(cè)序技術(shù)，zui終所獲取的實(shí)驗(yàn)結(jié)果也是測(cè)序文庫(kù)。CUT&Tag的文庫(kù)與ChIP-Seq類似，都是200-1000bp左右的文庫(kù)。測(cè)序所得的數(shù)據(jù)可以用常規(guī)的分析軟件進(jìn)行分析，無(wú)需特殊的分析軟件。一般的實(shí)驗(yàn)流程為：細(xì)胞與磁珠結(jié)合—一抗孵育—二抗孵育—轉(zhuǎn)座體孵育—片段化—DNA提取—PCR構(gòu)建文庫(kù)—文庫(kù)純化—質(zhì)檢—測(cè)序。整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程約10小時(shí)。
三、CUT&Tag技術(shù)對(duì)不同的靶蛋白具有廣泛的適用性
CUT&Tag與ChIP-seq一樣，對(duì)常見(jiàn)的組蛋白和轉(zhuǎn)錄因子具有很好的適用性。多篇引用文章證實(shí)，CUT&Tag對(duì)RAR、CCKBR、TWIST2（轉(zhuǎn)錄因子）、JUN、JUNB、PIM1、Runx1、SOX15等DNA直接或者間接結(jié)合蛋白都具有很好的適用性。即CUT&Tag技術(shù)適用于全基因組范圍內(nèi)的DNA-蛋白質(zhì)互作研究。
四、CUT&Tag技術(shù)對(duì)不同的細(xì)胞樣本具有廣譜的適用性
CUT&Tag技術(shù)對(duì)實(shí)驗(yàn)室常規(guī)的模式生物和細(xì)胞系都有很好的適用性。這些模式生物包括人、動(dòng)物、植物、微生物樣本。CUT&Tag技術(shù)在HepG2 cell、RAW246.7 cell、KYSE cell、Human primary cell、Human Tissure cell、hPSCs、K562 cell、mouse ES cell、HEK293T cell、mouse MEFs cell、mouse embryos cell、mouse brain cell、NIH3T3 cell、CD4+T cell、HeLa S3 cell、H1 hESCs cell、CD8+T cell、果蠅細(xì)胞、muscle stem cell、擬南芥、水稻、棉花等細(xì)胞樣本中已經(jīng)得到了應(yīng)用，可見(jiàn)，CUT&Tag技術(shù)對(duì)實(shí)驗(yàn)室常規(guī)細(xì)胞樣本具有廣譜的適用性，含有細(xì)胞壁的細(xì)胞也適用。
艾美捷 CUT&Tag技術(shù) 相關(guān)研究工具：
cat# 名稱 時(shí)長(zhǎng)
P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit <3小時(shí)
P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit <3小時(shí)
P-9016 EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit <6小時(shí)
P-2032 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit <5小時(shí)
