廁所洗手間污水處理設備設施膜組的清洗包括沖洗和化學清洗兩種。
反滲透系統有清洗劑A、清洗劑B、阻垢劑和清洗緩沖罐。操作人員需要定期給儲罐添加清洗劑和阻垢劑，設定清洗執行時間，需要清洗的時候系統自動執行系統沖洗：
膜組的沖洗在每次系統關閉時進行，在正常開機運行狀態下需要停機時，一般都采取先沖洗后再停機模式。系統故障時自動停機，也執行沖洗程序。沖洗的主要目的是防止原水中的污染物在膜片表面沉積。沖洗分為兩種：一種是用原水沖洗，一種是凈水沖洗，兩種沖洗的時間都可以在操作界面上設定，一般為2-5分鐘。
在傳統的廢水生物處理技術中，泥水分離是在二沉池中靠重力作用完成的，其分離效率依賴于活性污泥的沉降性能，沉降性越好，泥水分離效率越高。而污泥的沉降性取決于曝氣池的運行狀況，改善污泥沉降性必須嚴格控制曝氣池的操作條件，這限制了該方法的適用范圍。由于二沉池固液分離的要求，曝氣池的污泥不能維持較高濃度，一般在 1.5~3.5g/L左右，從而限制了生化反應速率。水力停留時間(HRT)與污泥齡(SRT)相互依賴，提高容積負荷與降低污泥負荷往往形成矛盾。系統在運行過程中還產生了大量的剩余污泥，其處置費用占污水處理廠運行費用的25%～40%。傳統活性污泥處理系統還容易出現污泥膨脹現象，出水中含有懸浮固體，出水水質惡化。
廁所洗手間污水處理設備設施針對上述問題，MBR將分離工程中的膜分離技術與傳統廢水生物處理技術有機結合，大大提高了固液分離效率；并且由于曝氣池中活性污泥濃度的增大和污泥中*菌(特別是優勢菌群)的出現，提高了生化反應速率；同時，通過降低F/M比減少剩余污泥產生量(甚至為0)，從而基本解決了傳統活性污泥法存在的許多突出問題。
但是，MBR不是萬能的，它屬于微濾膜，是按能通過的顆粒物粒徑來定義的；所以，對于它來講堵塞問題是關鍵，一些易結垢、含油類物質和粘稠性物質較多的廢水，建議不要采用MBR膜法；不適合MBR法的廢水類型有：乳化液/研磨液/淬火液/冷卻液廢水、表面活性劑廢水、石油類廢水、脂類廢水(有預處理措施除外)。