PCR引物是進行聚合酶鏈式反應（PCR）的關鍵組成部分，負責與目標DNA序列特異性結合并引導DNA聚合酶開始復制過程。引物設計的質量直接影響PCR的特異性和效率。

以下是一些關鍵的PCR引物設計原則：

1. 引物長度：通常在15-30bp之間，常見的為18-27bp，不宜超過38bp，因為過長可能導致延伸溫度過高，影響Taq DNA聚合酶的活性。

2. GC含量：理想范圍是40%-60%，45-55%為佳，以確保引物與模板的穩定結合而不至于過強或過弱。

3. Tm值：引物與模板結合的Tm值應接近72℃，至少應在55-80℃之間，這有助于優化復性條件。Tm值可以通過多種方法計算，包括公式法或軟件中的鄰近法。

4. 3’端設計：避免在3’端使用A，因為A在錯誤引發位點的引發效率較高。同時，避免3’端出現3個以上的連續堿基（如GGG或CCC），以及可能形成的發夾結構和二聚體。

5. 模板序列的相似性：引物設計應確保與非特異擴增序列的同源性不超過70%，且無連續8個堿基的互補，以減少錯誤引發。

6. 引物自身和相互間的互補性：引物5’端可以修飾，但整個序列應避免連續4個堿基的互補，以防止發夾結構和引物二聚體的形成。

7. ΔG值：引物的自由能（ΔG）分布應呈正弦曲線，即3’端較低，而5’端和中間較高，且3’端的ΔG值絕對值不應超過9。<cite>2</cite>

8. 特異性：引物應設計在核酸保守區內，且與非特異擴增序列的同源性不高于70%或有連續8個互補堿基。