由于水庫湖沼學學科發展相對于傳統的湖沼學、河流學較為滯后( 薩莫伊洛夫和李恒，1958;湖泊及流域學科發展戰略研究秘書組，2002 )，其作為現代湖沼學一個相對獨立的學科在 20 世紀 90 年代才正式出現( 林秋奇和韓博平,2001 ).在一定程度上阻礙了水庫生態安全(reservoir ecological security)問題的針對性分析與管理方法的探索。

現代水庫生態系統研究和主要結論來自研究自然湖泊稀少和水資源較為緊張地區的湖沼學者。捷克學者在這一領域開展的工作較早，也系統，Hrbacek的研究所在 20 世紀 60 年代對布拉格供水水庫斯拉皮水庫的生態學開展了系統研究，為水庫生態學理論的形成莫定了基礎，斯拉皮水庫生態系統的長期研究也為水庫生態學理論發展提供了系統的數據(Ulmann，1998: Hrbacek，1984 )20 世紀 80 年代后，水庫生態學受到世界各地學者和有關組織的重視，特別是美國和西歐水質工程有關學者，亞洲( 中國、印度)的學者側重于水庫漁業的研究以水庫為對象的生態學研究經費和研究論文數量有了飛速發展。1987 年屆國際水庫湖沼學和水質管理大會的召開反映了人們對水庫生態學研究重要性的認識。本水庫湖沼學芝作于 1990 年由美國學者 Thorton 等編寫出版，國際理論與應用湖沼學會主席 Wetzel 教授在 1990 年為該書寫了結論性的章，這標志著水庫湖治學作為現代湖治學一個相對獨立的學科出現，水庫生態學也迎來了一個新的發展階段。

當前國際上水庫生態學的研究主要關注兩個方面:一是，將水庫作為一種特殊水體類型，研究如何豐富經典的生態學和湖沼學( Tundisi and Straskraba,1999 )二是，以水庫特點為基礎，研究水庫生態管理存在的問題( 韓博平，2010;Ccchct al.，2007: Seda ct al.，2007) 等。例如，Duncan ( 1990 ) 研究了倫敦水庫的水庫生態管理和生物操作技術; Salencon 和 Thebault ( 1996)以法國中營養水庫為例研究了水庫生態系統管理的模擬模型;Vorosmarty 等(1997) 分析了世界范圍內水庫對徑流的儲存及演化特征; Hamilton 和 Schladow(1997)研究了湖泊水庫水質預測模型;Brierley 和 Harper ( 1999 )研究了深水水庫管理的生態學原則;Tuford 和 McKellar( 1999 )對南卡羅萊納州大型水庫的水動力時空特征和水質模型技術進行了研究; Nilsson 和 Berggren ( 2000 )研究了水庫庫岸帶(消落帶)的變化特征;Kennedy ( 2001 ) 探討了建立水庫營養鹽基準的問題。

我國也是較早開展水庫湖沼學研究的國家之一。劉建康等( 1955)發表了我國水庫生態學研究的篇論文，揭開了我國水庫生態學/水庫湖沼學研究的序幕。我國水庫生態學大致分為 3 個階段,分別為 1955~1975 年的起步階段1976~2000 年以水庫漁業生產為目標的研究階段、2001 年至今以水庫水質管理為目標的研究階段。