柱溫對保留時間、峰形、分離度和柱壓都有一定影響。對于不嚴格的色譜分離，偶爾做幾次的可以不考慮溫度的影響。但對于定性和定量要求嚴格的分析，則必須加以考慮。有文獻報道，溫度每變化1℃，保留時間會變化1％～3％。因此，對于大量樣品長時間的重復定量分析，必須用柱溫箱來控制保留時間和分析結果的準確性。其次，不同的溫度會影響到不同化合物在柱中保留時間的變化，可以通過溫度的變化，選擇合適的條件來達到優化色譜分離的目的。

      一般情況下，溫度上升，保留時間縮短、柱壓下降，但也有個別情況，特別是用某些所謂極性反相柱分離一些極性化合物，會有隨溫度升高，保留時間延長的現象。適當升高溫度，對于某些拖尾較嚴重的化合物，會使峰形和柱效大大改善。對于大分子分離、尤其在使用較高流速時，適當提高溫度，會使柱效和柱壓兩方面受益，從而減少分離時間。對于手性分離，則一般是柱溫低時分離度較高。柱溫對峰面積的影響不如保留時間明顯，但有些離子化合物在不同溫度下，電離不同，吸收波長和吸收強度會發生變化，峰面積就會發生變化。

       隨著冬季的到來，化驗室的溫度也會受到一定的影響，建議配個柱溫箱對于分析是有好處的。