大概流程：高壓輸液泵將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送至分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分被分離，并依次隨流動相流至檢測器。抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器。在抑制器中，流動相背景電導被降低，然后將流動出物導入電導池，檢測到的信號送至數據處理系統記錄、處理或保存。非抑制型離子色譜儀不用抑制器和輸送再生液的高壓泵，因此多功能離子色譜儀結構相對比較簡單。

多功能離子色譜儀是一種常用的色譜儀產品，其有別于傳統離子交換色譜柱色譜的主要是樹脂具有很高的交聯度和較低的交換容量，進樣體積很小，用柱塞泵輸送淋洗液通常對淋出液進行在線自動連續電導檢測。多功能離子色譜儀主要是利用離子交換基團之間的交換，也即利用離子之間對離子交換樹脂的親和力差異而進行分離。離子交換色譜柱的填料是陰、陽離子交換樹脂，是在有機高聚物或硅膠上接枝有機季銨或磺酸基團。常用的檢測器是電導檢測器。多功能離子色譜儀主要用于陰陽離子的分析，特別是陰離子的分析。且多種離子同時測定，簡便，**。到目前為止，離子色譜仍然是測定陰離子理想的方法。