凝膠遷移或電泳遷移率實驗可以：
（1）研究DNA結合蛋白和其相關的結合序列相互作用；
（2）可用于DNA定性和定量分析；
（3）用于研究RNA結合蛋白和特定的序列的相互作用。

凝膠遷移或電泳遷移率實驗

凝膠遷移或電泳遷移率實驗結合蛋白和其相關的結合序列相互作用的技術，可用于定性和定量分析。這一技術zui初用于研究結合蛋白，目前已用于研究結合蛋白和特定的序列的相互作用。

通常將純化的蛋白和細胞粗提液和同位素標記的探針一同保溫，在非變性的聚丙烯凝膠電泳上，分離復合物和非結合的探針復合物比非結合的探針移動得慢。同位素標記的探針依研究的結合蛋白的不同，可是雙鏈或者是單鏈。當檢測如轉錄調控因子一類的結合蛋白，可用純化蛋白，部分純化蛋白，或核細胞抽提液。在檢測RNA結合蛋白時，依據目的結合蛋白的位置，可用純化或部分純化的蛋白，也可用核或胞質細胞抽提液。競爭實驗中采用含蛋白結合序和寡核苷酸片段（特異）， 和其它非相關的片段（非特異），合蛋白的特異性。在競爭的特異和非特異片段的存在下，依據復合物的特點和強度來確定特異結合。