作為一款全能型桌面測序儀，MGISEQ-2000全面、靈活、高效，能夠靈活支持多種不同的測序模式，并采用優化設計的光學及生化系統，能夠在較短時間內完成完整的測序流程，帶給使用者更加精簡流暢的測序體驗。

MGISEQ-2000支持6種讀長，從生育檢測和病原快檢（SE50、SE100），到腫瘤檢測、轉錄組、WGBS、WES、WGS（PE100、PE150），再到司法個體識別（SE400）以及動植物基因組測序（PE200），全面地覆蓋了科研領域和臨床領域的應用需求。

在同等通量的平臺中，MGISEQ-2000是配備了雙載片平臺的高通量測序儀，適配大小兩款載片類型（FCL/FCS），單次運行可搭載1-2張載片，因此可以提供5種不同的載片組合方式，供不同樣本規模的用戶靈活選擇。

MGISEQ-2000集DNB加載、測序與數據分析于一體，便捷高效，對于需要保障交付周期的用戶而言，也可滿足用戶在速度上的需求：在PE100的讀長下，僅需26小時即可獲取220G的下機數據（FCS，雙載片）。