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HPLCzui常見的一個問題就是溶劑中的污染物對分析結果的影響。    
顆粒
  顆粒可以損壞泵和注射器。顆粒也可以堵塞色譜柱并且熔化它，這會導致回壓增大。顆粒還會表現為另一種固相，可能改變樣品的組分。
有機物
超純水中的有機物可能影響色譜峰的分離度和積分、可能導致鬼峰、還可能改變固定相的選測性以及影響色譜基線。
離子
離子濃度的改變會影響分離結果，部分能吸收UV的離子會對峰產生影響。某些有腐蝕性離子的還會降低高壓輸液泵等配件的使用壽命。
膠體
膠體會不可逆的吸附在固定相上面，影響柱的分離效果。
微生物
微生物會堵塞色譜柱，其代謝產物會增加有機物，顆粒等污染物。
瓶裝純凈水和蒸餾水是目前部分HPLC分析中使用的純凈水，由于瓶裝純凈水和蒸餾水均只是普通純水而不是超純水，水中仍含有少量離子和有機物等雜質，用以配制液相和洗脫液不僅可能污堵昂貴的色譜柱，也影響HPLC定出平坦的基線。
瓶裝純凈水的純化工藝，通常包括吸附、過濾、反滲透等，對顆粒性有機物的去除效果較好，但對微量離子及有機物的去除卻不能滿足高靈敏度的HPLC實驗之需求，并且，由于其包裝通常多為PVC瓶，透氧率高，同時存在一定的化學溶出量，從而污染瓶中的純凈水，尤其是保存一段時間后，水質下降更多，因此表現在HPLC色譜圖上，雖無特定吸收峰，但基線存在較嚴重的不穩干擾。
蒸餾水是指用蒸餾方法制備的純水。可分一次和多次蒸餾水。水經過一次蒸餾，不揮發的組分殘留在容器中被除去，揮發的組分進入蒸餾水的初始餾分中，通常只收集餾分的中間部分，約占60％，要得到更純的水，可在一次蒸餾水中加入堿性高錳酸鉀溶液，除去有機物和二氧化碳；加入非揮發性的酸（硫酸或磷酸），使氨成為不揮發的銨鹽。通過對雙蒸水進行HPLC檢測時發現，254nm和214nm在22-27分鐘時都出現較強的吸收峰，這表明有疏水性較強的有機物污染，其原因應是蒸餾過程的共沸現象導致了某些揮發性有機物去除不*。
超純水機綜合了反滲透、離子交換、活性炭吸附、膜過濾、超濾及紫外光氧化等多種純化工藝，產水電導率達到18.2MΩ?cm,產水水質超過國標一級水標準且穩定可測，超純水即取即用，不會因儲存引入污染，水質有保證，較之使用瓶裝純凈水或蒸餾水，更能滿足用戶高精度儀器分析的需要。