抗體基因的突變導(dǎo)人可以是隨機的，也可以在特異性位點上。隨機導(dǎo)人突變?yōu)楹唵危乙膊恍枰茰y哪個位點是提高親和力的佳突變位點。隨機突變更接近體內(nèi)的體細胞高突變過程。導(dǎo)人隨機突變的一種常用方法是鏈改組。這種方法是兩條鏈（VH和VL）中的一條被先固定并與另外一條鏈的基因文庫結(jié)合產(chǎn)生1個次級文庫，再從中尋找更佳配對。另外一些隨機突變方法包括易錯PCR、DNA改組或在大腸桿菌突變株中繁殖噬菌體。對于半抗原，這些方法可以使親和力大幅增加（可達300倍）；但對于蛋白質(zhì)抗原，僅會有一個溫和的提高（小于10倍）。隨機突變的一個限制是：有關(guān)調(diào)節(jié)親和力的突變定位方面有價值的信息相當(dāng)匱乏。在高親和力結(jié)合性抗體的序列中會顯示多個突變位點，但不能確定哪些能提高親和力而哪些沒有作用甚至實際上起到負(fù)面作用。如果抗體親和力提高不能達到預(yù)期效果，那么這些有關(guān)突變的信息就可以用來對續(xù)后的突變進行指導(dǎo)。此外，由于隨機突變被導(dǎo)人到框架區(qū)，那么當(dāng)抗體用于治療時，這種方法就可能產(chǎn)生免疫原性的問題。再用DNA改組去除有害或不必要的突變，會大程度地減小此問題的影響。
另外，也可以用合成的寡核苷酸在抗體基因特異性區(qū)域?qū)送蛔儭Ｐ枰_定的是：哪些殘基需要突變。這是因為僅僅5個氨基酸的隨機化就需要3．4×107個克隆，才能*覆蓋序列空間。有幾個研究小組顯示將突變定位于互補決定區(qū)域（CDR）是提高抗體親和力的有效手段。這個方法的作用在于在體內(nèi)體細胞高突變時，與框架區(qū)殘基相比，突變更優(yōu)先集中于CDR。這些CDR突變的定位可以與原始抗體文庫中多樣性產(chǎn)生的位置互補。不過需要注意的是，有許多CDR殘基，尤其是位于VHCDR3和VLCDR3區(qū)域的殘基，關(guān)乎抗原抗體之間的高能作用。因此，許多情況下，此區(qū)域突變可消除其結(jié)合抗原的能力。為了更有效利用序列空間，我們更傾向于采用對野生型殘基有偏好的核苷酸混合物，從而使無用結(jié)構(gòu)的數(shù)目降至低。CDR區(qū)突變可以通過引入新的接觸點，或用更適宜接觸點取代那些低親和力或“排斥性”接觸點。然而，似乎無論體內(nèi)體細胞高突變還是體外隨機突變導(dǎo)人的多個突變，對親和力所施加的影響都是間接性的。它們通過對CDR或者接觸點殘基的側(cè)鏈進行重新定位，來優(yōu)化與抗原間的相互作用。