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營養(yǎng)與健康所等基于機(jī)器學(xué)習(xí)建立人類遺傳重組圖譜

儀表研發(fā) 2022年01月25日 17:14:29來源:上海營養(yǎng)與健康研究所 21281
摘要1月20日,中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所李海鵬研究組等在Human Genetics上,在線發(fā)表了題為Fine human genetic map based on UK10K data set的研究論文。

  【儀表網(wǎng) 儀表研發(fā)】1月20日,中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所李海鵬研究組等在Human Genetics上,在線發(fā)表了題為Fine human genetic map based on UK10K data set的研究論文。遺傳重組是生命進(jìn)化的基礎(chǔ),在有性生物形成配子的過程中,來自父方和母方的染色體相互交換遺傳物質(zhì),從而增加了相鄰基因間不同等位基因的組合,豐富了遺傳多樣性。精確度量基因組不同區(qū)域的遺傳重組率是生物學(xué)研究的熱點(diǎn)。精確的遺傳重組圖譜對(duì)探究遺傳重組的發(fā)生機(jī)制、雜交育種、準(zhǔn)確定位致病突變和某一性狀的決定基因,均非常重要。
 
  遺傳重組率估值的精確度與數(shù)據(jù)囊括的遺傳重組次數(shù)成正比,若數(shù)據(jù)囊括了越多的遺傳重組事件,則遺傳重組率估值越精確,反之亦然。無論是基于家系或單精子測序的研究,還是基于群體遺傳數(shù)據(jù)的研究,這一原則均成立。基于群體遺傳數(shù)據(jù)的分析,局限于已有的分析方法,較難運(yùn)用以分析大樣本。本研究中,科研人員擴(kuò)展了前期開發(fā)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法,運(yùn)用新開發(fā)的FastEPRR 2.0分析了公開的UK10K共3,781個(gè)非相關(guān)個(gè)體(n=7,562個(gè)基因組)測序數(shù)據(jù),基于Out-of-Africa群體歷史模型,準(zhǔn)確估計(jì)了遺傳重組率,構(gòu)建出精確的遺傳重組圖譜。總體上看,少數(shù)已知的遺傳重組熱點(diǎn)在UK10K遺傳圖譜中依然存在,但在UK10K遺傳圖譜中,遺傳重組率估值波動(dòng)較為平緩,遺傳重組異質(zhì)性較低。為了剖析樣本大小對(duì)估值的影響,研究從UK10K數(shù)據(jù)中隨機(jī)選取2,000、400和200個(gè)基因組測序數(shù)據(jù),分析結(jié)果顯示隨著樣本量的降低,遺傳重組率的估值波動(dòng)加大。上述結(jié)論不依賴分析時(shí)所用的群體歷史模型,研究人員在使用群體數(shù)量恒定模型中也觀察到同樣的現(xiàn)象。該研究提供了精確的人類遺傳重組圖譜,并發(fā)現(xiàn)遺傳重組在基因組上的分布或比預(yù)期的更均勻。
 
  理論群體遺傳學(xué)領(lǐng)域擁有完善的數(shù)學(xué)基礎(chǔ),與機(jī)器學(xué)習(xí)中的黑盒子概念相反。2008年初,研究人員預(yù)見有監(jiān)督的機(jī)器學(xué)習(xí)對(duì)群體遺傳學(xué)的促進(jìn)作用,因而在2011年與合作者首次將有監(jiān)督的機(jī)器學(xué)習(xí)引入了群體遺傳學(xué)(Genetics),并在2013年(Genetics)、2016年(G3)持續(xù)發(fā)展這一新范式。在某些方面,雖然有監(jiān)督的機(jī)器學(xué)習(xí)比極大似然法、貝葉斯等方法更好,但是這一新范式能否為進(jìn)化生物學(xué)領(lǐng)域帶來新發(fā)現(xiàn),依然未知。結(jié)果表明,新范式帶來了新發(fā)現(xiàn),也回應(yīng)了領(lǐng)域中某些質(zhì)疑意見。
 
  研究工作得到國家自然科學(xué)基金、中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃和營養(yǎng)與健康所的支持。

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