毛細管離子色譜儀采用毛細管離子色譜技術，分辨率和分析速度都上了一個新臺階，無論是日常分析抑或嚴苛應用，毛細管離子色譜儀都可提供業界*的靈敏度。毛細管離子色譜儀是新一代的離子色譜系統，支持高壓下使用0.4 mm 直徑色譜柱進行分離。高壓性能可以在不犧牲分析速度的情況下采用小顆粒色譜柱得到高分離效能，也可通過提高流速在標準長度或更短的色譜柱上實現高通量。降低毛細管系統淋洗液流量可減少淋洗液的消耗和廢液的產生。“譜立方”模塊通過用顏色標記配件和減少系統接口更體現了系統的易用性，一系列可供選擇的檢測器更增加了系統的靈活性。
毛細管離子色譜儀目前的應用對象已從常規無機陰離子分析擴展到幾乎所有的離子態化合物，如有機酸、有機胺、糖類、氨基酸等。而且由于毛細管離子色譜儀在藥物分析、生命科學等多個領域具有其他分離技術所不具備的優勢，近年來得到越來越多的重視。
隨著技術的發展，毛細管離子色譜儀得到了更廣泛的應用，可以說，毛細管離子色譜儀整體發展就是基于電化學技術的發展，比如新型抑制器技術、淋洗液發生器以及新型的電化學檢測器-電荷檢測器等均已商品化。
毛細管離子色譜儀也極大地推動了離子色譜應用領域的擴展，國外研究的新型填料可以使常規七種離子在半分鐘內得到分離。此外，毛細管離子色譜柱也推動了毛細管離子色譜儀的商品化。
毛細管離子色譜儀流動相為水溶液體系，與液相色譜法有機相為主的流動相體系、氣相色譜法的氣體流動相相比，水溶液體系與生物環境所要求的水溶液環境可以很好地兼容，更適合于生物樣品分析。因此，將毛細管離子色譜儀用于生物樣品的分析已經成為分析化學領域的研究熱點之一。目前特別關注的生物標志物，如氨基酸、多肽、蛋白質、糖蛋白、單糖、寡糖及核酸等樣品，由于這些物質在特定pH值下能夠電離，因此可以采用離子色譜法進行分離與分析。另外，上述生物樣品缺乏有效的特征紫外吸收，紫外吸收檢測器無法進行有效檢測，而采用電導或安培檢測手段可望有效解決上述物質的檢測問題。
毛細管離子色譜儀的應用已經不僅僅局限在傳統領域。隨著技術的發展，毛細管離子色譜儀在醫藥、生物、核工業等領域得到了廣泛的應用，包括歐洲、美國、中國在內的各國藥典，已經將胺基糖苷類藥物、藥中的痕量離子態雜質的離子色譜分析方法列為藥典分析方法。
